Los hechos acaecidos en la España del siglo XIX y básicamente la Desamortización (1835) afectaron negativamente la marcha secular del Monasterio. Más dolorosas aún fueron las vicisitudes en la República de 1931-1936. Contaba la comunidad con doce religiosas (dos murieron en este tiempo). Era abadesa madre María del Pilar González, que sobrevivió hasta 1946, y capellán don Juan Bautista de la Asunción Borras, Beneficiado de la catedral, mártir en Toledo, el 6 de agosto de 1936.

     Desde los primeros días uno de los edificios que fue usado por los milicianos para asediar el Alcázar, debido a la proximidad, fue este convento. Por eso las religiosas tuvieron que abandonarlo y refugiarse en una casa próxima, acompañadas por el capellán y sus hermanos. Días después, al comunicarlas que era urgentísimo abandonar la casa donde estaban refugiadas porque iban a bombardearla, como así fue, decidieron encaminar los pasos otra vez al Convento para ver si en él podían ocultarse. En el precipitado y corto trayecto una Hermana de 84 años que iba descalza sufrió varias caídas y, con la ayuda de dos religiosas, sin apenas poderla sostener, por fin, llegaron al Convento, refugiándose en el refectorio bajo.

El capellán y sus hermanos acompañaban a la Comunidad. La situación era angustiosa, aumentando las dificultades. Fueron tres inacabables días. Al poco tiempo, el griterío y los golpes llegaban al Convento. Las religiosas se refugiaron en la portería y, en el momento que intentaron salir, sor Visitación cayó muerta en brazos de dos hermanas. Pero hasta el día siguiente no pudieron enterrarla en una habitación llena de escombros.

Crecían los alaridos, se oían frases de los milicianos: «¡Soldados, soldados, matad sin piedad a todos vuestros jefes y uníos a nosotros, que nada os haremos!» A las hermanas les parecía el último momento de su existencia: amenazas, estallidos de minas, tiroteos...

El Capellán mandó a su hermano para que, desde la escalera de la calle, pidiera auxilio a los guardias, que estaban en el Museo Nacional de Santa Cruz, diciéndoles que los milicianos y la turba, habían entrado en el Convento. Los de Asalto pudieron sacarlas por el hueco de una reja que habían volado con dinamita y después las condujeron al Museo, donde las atendieron, pasando en él la noche. Al Capellán y a su hermano nos les llevaron allí. Pocos días después supieron que le habían fusilado, acribillando su cuerpo con diez balazos.

Con la ayuda del teniente y de los guardias, fueron llevadas a los Conventos de Dominicas: Jesús María y Madre de Dios, donde fueron muy bien acogidas. Pero el día destinado para hacer estallar la primera mina que colocaron, con el fin de acabar con la resistencia del Alcázar, las tres Comunidades tuvieron que pasar por otro dolor y pavor: sus plegarias subían al cielo y rodeadas por los milicianos a las afueras de Toledo, pensaron había llegado el fin de sus vidas. Todo quedó en un susto. Ellas en medio del sufrimiento e intranquilidad siguieron esperando, hasta que se enteraron que Toledo había sido liberada el 27 de septiembre, aunque hasta el 28 no se supo.

El estado del convento

Por fin todo pasó, pero cuando pudieron regresar al Convento. ¡Qué cuadro más horrendo! La cuna de nuestra Orden gloriosa, profanada. Estaba desconocido el Convento. Las bellas imágenes de la Madre Fundadora y de la Inmaculada, decapitadas, y destrozados los escornos de sus angelitos; la de San Francisco, también sin cabeza y vaciados los ojos; igual hicieron con una imagen de la Niña María y con otros santos. Dos imágenes del Santísimo Cristo hechas pedazos. La imagen de piedra de la Santísima Virgen, donación de la princesa de  Asculi, rota en tres pedazos. En el coro bajo, el sepulcro de mármol que encerraba las arcas de plata que contenían las veneradas reliquias de nuestra Beata Madre Fundadora, completamente desbaratado y, por el suelo, los benditos y queridísimos restos: en dos pedazos el cráneo y arrebatada la estrella de oro de su frente. Las mencionadas arcas se encontraron después, entre los escombros del patio. La del cráneo apareció totalmente aplastada.

Las magníficas vidrieras de la capilla del sepulcro, que representaban a Isabel la Católica y al Cardenal Cisneros, hechas añicos.

Las tumbas abiertas, incluso la de la ya nombrada Princesa de Asculi. Se llevaron tres momias al jardín.

El gran cuadro de la ínclita Fundadora, lleno de agujeros.

En el claustro sacaron los restos de una de las sepulturas y colocaron un Jesús Nazareno, después de amputarle la cabeza, brazos y piernas.

Documentos, custodias de plata, Vasos Sagrados desaparecidos, ropas saqueadas. Los hábitos y mantos azules fueron exhibidos  y escarnecidos por las calles.

     Debido a las bombas y a las explosiones de las mismas, resultaron terribles desperfectos en el interior del edificio.

     Todo había sido como una terrible pesadilla, cincuenta y un días, que a la Comunidad se les hicieron años. Las hermanas, con su oración, suplicaban a Jesús, María y todos los Santos misericordia ante tanta profanación, perdón y consuelo; también la celestial protección para comenzar una nueva vida y poder llevar adelante la reconstrucción.

Cristo Mutilado durante la Persecución Religiosa del año 1936

El Capellán, don Juan Bautista de la Asunción

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