La Concepción de Toledo es la cuna de la Orden de la Inmaculada Concepción. Muerta ya la Fundadora, la reina Isabel y la Abadesa Felipa de Silva, sobrina de Beatriz, formularon otra solicitud, en este caso al nuevo Papa, Alejandro VI, a la que este responde mediante la bula: “Ex supernae providentia” dada el 19 de agosto de 1494. Con ella el proceso fundacional sigue avanzando. Ahora se solicita para el convento, y el Papa lo concede, la supresión de la Regla del Cister con la que iniciaron la fundación y la implantación de la Regla de Santa Clara. Asimismo se obtiene el permiso para fundar nuevos conventos “a imitación del de Toledo”, con lo que se reconoce la creación de una nueva Orden. Por otra parte se mantiene el mismo hábito, el rezo de las horas canónicas y el tenor de vida anteriores.

     En enero de 1495 se lleva a efecto la unión de las comunidades concepcionistas  y  benedictinas,  por medio de la bula de Alejandro VI “Apostolicae sedis”, del 1 de septiembre de 1494. Viven en el convento de San Pedro de las Dueñas, bajo la advocación de la Concepción. Las dificultades para la convivencia eran muchas y Felipa de Silva tuvo que abandonar este convento.

Expansión fuera de Toledo

En 1496 Cisneros entra en Toledo como arzobispo y reformador  y, gracias a su prudente autoridad, consiguió zanjar las diferencias de las monjas, cambiando el ambiente en sosiego y paz.

     En 1501 se instala la Comunidad ya fusionada en su actual convento. Y antes de obtener la Regla propia en 1511, empiezan a fundarse monasterios  concepcionistas fuera de Toledo. En 1504, 2 de octubre, cuando la comunidad de la Casa Madre profesa todavía la Regla de Santa Clara, el  canónigo de la Santa Iglesia Catedral de Toledo, Álvaro Pérez de Montemayor, hermano de Juana de San Miguel, funda el convento de la Concepción de Cuenca. En 1507, tiene lugar la creación el primer convento concepcionista de filiación directa toledana, el de Torrijos (Toledo).

La bula de Julio II

Con la bula de Julio II, “Ad statum properum”, de 17 de septiembre de 1511, dota a dicha orden de su propia Regla. Con ello culmina el proceso fundacional, y el Monasterio toledano de la Concepción y los nacidos de él, quedan desvinculados, tanto de la Regla del Cister como de la  Regla de Santa Clara, siendo la primera Regla concedida bajo esta advocación

     Beatriz se aparece al morir al P. Tolosa, su confesor, que se encontraba en Guadalajara, rogándole que fuera «muy deprisa a Toledo, porque su casa y orden estaban a punto de desaparecer».

     Era cierto. Las perturbaciones empezaron de inmediato. Los dominicos reclamaron sus restos... Todo empezaba a desarrollarse conforme a la visión que tuviera la Santa Madre antes de enfermar... «Tu Orden ha de ser deshecha por tu muerte... más... florecerá y será multiplicada».

     En el año 1526 habían ingresado en Toledo 89 religiosas y fundado en España 40 monasterios.

El Cardenal Cisneros

El Papa Julio II